Das breitgefächerte Repertoire des Ensemble Wien umfaßt Werke von der Klassik bis zur Moderne. Einen Schwerpunkt stellen sowohl Kompositionen von Mozart, Haydn, Schubert und Beethoven, als auch ausgewählte Meisterwerke von Lanner und der Strauss Dynastie dar. Zudem umfaßt das Repertoire des Ensembles unter anderem Kompositionen von Rossini, Dvorak, Brahms, Hindemith, Britten und Piazzolla. Das Ensemble Wien ist Widmungsträger von Kammermusikwerken und Interpret von Uraufführungen bedeutender österreichischer Komponisten wie Cerha, Pirchner, Schwertsik, Gruber und Kolonovits.